Son œuvre la plus connue, et son seul véritable opéra, Dido and Aeneas ou Didon et Énée compte parmi les grands airs de la musique baroque. Pete Townshend du groupe The Who dit avoir été influencé par Purcell, ce qui se ressent dans les premières mesures du morceau Pinball Wizard.
Purcell eut aussi une influence sur les compositeurs de la renaissance de la musique anglaise du début du XXe siècle, le plus manifestement chez Benjamin Britten, qui créa et interpréta une mise en scène de Didon et Énée, et dont le Young Person's Guide to the Orchestra est basé sur une mélodie de l'Abdelazer de Purcell.
Néanmoins l'air du froid (vidéo) extrait de King Arthur fut rendu célèbre par l'interprétation de la star du new age Klaus Nomi dans les années 80.