Après les succès mitigés de Don Giovanni, de Le nozze di Figaro et de Cosi fan tutte, dans le domaine de l’opéra italien aristocratique, Mozart accepte la proposition que lui fait Schikaneder d’écrire à nouveau un Singspiel, c’est-à-dire un opéra-comique à succès, d’autant plus populaire qu’il sera écrit dans une langue intelligible par tous et s’adressera à toutes les classes sociales. La salle de spectacle n'est pourtant pas un théâtre de deuxième ordre, comme on l’a souvent affirmé, elle dispose au contraire d’importantes ressources techniques, qui ont permis les nombreux effets spéciaux et changements de décor qui abondent dans La Flûte enchantée et déterminent sa structure dramaturgique. L’opéra relève en effet de l’esthétique du merveilleux et du spectaculaire issu du monde baroque. Ce sera son dernier opéra puisque la première représentation, le 30 septembre 1791, aura lieu deux mois avant la mort de Mozart à l'âge de 35 ans.